一、进样口硅胶垫的影响
①进样针头质量不好，边缘不够平整，硅胶垫容易损坏。
②硅胶垫使用次数过多或时间长老化，硅胶垫质量不好，材料弹性差，硅胶垫碎屑进入汽化室。
③硅胶垫被污染，如进样时针头处附着的样品液滴被硅胶隔垫所吸附，在之后的分析过程中一点点脱附后进入色谱柱中。
二、进样口、检测器或衬管和分流平板污染
①长时间未进行色谱仪的定期维护；
②汽化室和衬管内经常会聚集一些沉积物及高沸点物质，如果碰到某次分析高沸点物质时，进样口温度升高时就会使聚集的物质逸出造成空白值偏高；
③在检测器中和分流平板的凹槽中未挥发的物质会慢慢积累，造成空白值偏高。
三、色谱柱的影响
①色谱柱未充分老化，柱温过低老化不充分，温度过高产生液相遗失。
②色谱柱长时间使用。柱自身有吸附特性，柱内余留高浓度样品或柱内留存高沸点物质，柱头被污染。再者毛细管柱低负荷量，需要高灵敏度检测器，这样就特别容易造成空白值偏高。
四、试剂污染
试剂在进样前的处理过程中受到污染或试剂不纯。
