1、应用范围不同
气相色谱法适用于易挥发有机化合物的定性、定量分析。而气质联用色谱法在环保、医药、农药和兴奋剂等领域起着越来越重要的作用，是分离和检测复杂化合物的蕞有力工具之一。
2、特点不同
气-质联用将GC与MS联用，即气-质联用，彼此扬长避短，既弥补了GC只凭保留时间难以对复杂化合物中未知组分做出可靠的定性鉴定的缺点，又利用了鉴别能力很强且灵敏度极高的MS作为检测器，凭借其高分辨能力、高灵敏度和分析过程简便快速的特点。
气相色谱法具有效能高、灵敏度高、选择性强、分析速度快、应用广泛、操作简便等特点。
3、分析过程不同
气相色谱法，汽化的试样被载气（流动相）带入色谱柱中，柱中的固定相与试样中各组份分子作用力不同，各组份从色谱柱中流出时间不同，组份彼此分离。采用适当的鉴别和记录系统，制作标出各组份流出色谱柱的时间和浓度的色谱图。
根据图中表明的出峰时间和顺序，可对化合物进行定性分析；根据峰的高低和面积大小，可对化合物进行定量分析。
气-质联用，混合物样品经色谱柱分离后进入质谱仪离子源 ，在离子源被电离成离子，离子经质量分析器 、检测器之后即成为质谱信号并输入计算机。样品由色谱柱不断地流入离子源，离子由离子源不断进入分析器并不断得到质谱，只要设定好分析器扫描的质量范围和扫描时间，计算机就可以采集到一个个质谱。
计算机可以自动将每个质谱的所有离子强度相加，显示出总离子强度，总离子强度随时间变化的曲线就是总离子色谱图，总离子色谱图的形状和普通的色谱图是相一致的，可以认为是用质谱作为检测器得到的色谱图。
