分析色谱与制备色谱在色谱技术中各自扮演不同的角色，但它们之间存在密切的关系。
首先，分析色谱的主要目的是分析混合物中纯物质的含量。它使用较小的流速、较小尺寸的色谱柱、较小的填料粒径，并搭载高灵敏检测器，以实现高精度的物质识别和定量分析。分析色谱在实验室环境中应用广泛，用于各种物质的基础研究和质量检测。
色谱分析 按物质在固定相与流动相间分配系数的差别而进行分离、分析的方法称为色谱分析法。按流动相的分子聚集状态分为液相色谱、气相色谱及超临界流体色谱法等。按分离原理可分为吸附、分配、空间排斥、离子交换、亲合及手性色谱法等诸多类别。按操作原理可分为柱色谱法及平板色谱法等。液相色谱法按固定相的性能、流动相输送压力及是否具有在线检测装置等，分为经典与 高效液相色谱法两大类。色谱法已成为应用蕞广、药典收载蕞多的一类分析方法。毛细管电泳法的柱效可高达10七次方m-1，已成为生命科学研究的蕞重要方法之一。
而制备色谱则是基于分析色谱的分离效果，进一步放大应用到实际生产中。制备色谱的目的是从混合物中得到纯物质，它采用较大的进样量、较大尺寸的色谱柱和较大的流速，以便能够处理更大规模的样品并分离出所需物质。制备色谱在工业生产、药物制造等领域具有广泛的应用，能够实现大规模的物质分离和纯化。
制备色谱是指采用色谱技术制备纯物质，即分离、收集一种或多种色谱纯物质。制备色谱中的“制备”这一概念指获得足够量的单一化合物，以满足研究和其它用途。制备色谱的出现，使色谱技术与经济利益建立了联系。制备量大小和成本高低是制备色谱的两个重要指标。其中，气相制备色谱主要用于石油化工产品和挥发性天然产物的色谱纯样品制备。在化学化工医药等广泛采用的层析法以及 薄层色谱就是蕞为典型的制备色谱（如润扬仪器的棒状薄层色谱仪，四组分分析仪），换句话说，将分析色谱的进样量增大，同时得出大量的所需物质（馏分）的过程就可以称为制备色谱。
此外，制备色谱系统也是利用制备色谱的思想，通过高效能得到纯化物质的多个分析测试设备联用的总称。它结合了分析色谱和制备色谱的优势，既能够进行高精度的物质分析，又能够实现大规模的物质分离和纯化。
因此，可以说分析色谱是制备色谱的基础，制备色谱在分析色谱的基础上进一步发展和应用。两者在色谱技术中相辅相成，共同构成了色谱技术的完整体系。
分析色谱的目的，是分析出混合物中一个（或者几个）纯物质的含量。制备色谱的目的，是从混合物中得到纯物质。而制备色谱系统则是利用制备色谱的思想高效能得到纯化物质的多个分析测试设备联用的总称。
总之，分析色谱与制备色谱在色谱技术中各自发挥重要作用，它们之间存在密切的关系，相互支持，共同推动色谱技术的发展和应用。
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