气相色谱仪的气路系统，是一个载气连续运行、管路密闭的系统。气路系统的气密性载气流速的稳定性以及流量测量的准确性都对色谱实验结果有影响需要注意控制。
气相色谱中常用的载气有氢气、氮气、氦气、氩气和空气。这些气体除氦气、氩气一般由高压钢瓶供给外，氢气、氮气、空气可由气体发生器供给，如氢气发生器、氮气发生器和空气发生器。对于用气量大的单位可由大容量发生器集中供给、通常都要经过净化、稳压和控制、测量流量。
气相色谱分析检测过程中，气相色谱仪对所用的气体纯度有较高的要求为即达到工作要求又能延长仪器寿命所用气体的纯度，要达到或略高于仪器自身对气体纯度的要求否则若使用不符合要求的低纯度气体会造成一系列不良影响。
气相色谱仪中使用的载气要求纯度较高，而且要求流速保持稳定，所以一般是用发生器或高压钢瓶。气相色谱中常用的载气主要有：氢气、氮气、氩气和氦气。 载气钢瓶的压力在100～150公斤／厘米，纯度为99.9—99.999之间。出于载气中还合有一定量的杂质，所以在通入气相色谱仪之前需要经过适当的净化。
气相色谱分析中究竞选用那一种载气，以及如何净化？主要是看选用的检测器、色谱柱及所要分析的对象和要求。例如。用气相色谱仪氢火焰电离检测器时，需要把载气、燃气（氢气）、助燃气（空气）中的烃类组分除净，而对极性气体杂质要求就不那么严格。因为氢火焰离子检测器对气体几乎没有响应，换句话说载气中少量的气体杂质影响不大。
气相色谱仪的热导检测器（TCD）选用氢气或氦气作载气，分析灵敏度较高，因为它们热导系数大予其它气体。用氢作载气价格低廉，但一定要注意安全。用氦作载气比用氢气安全，但其价格高昂。此外，也常用氩、氮作载气。热导池检测器所用的载气用一般净化方法。载气中的水分含量应该严格控制，因为载气长时间进入色谱柱后，载气中的水分被色谱柱吸附，就会影响到柱子的活性、使用寿命及分离效率。
