对一些特殊的化合物进行检测，气相色谱仪的选择性检测器有其特别的功能。不受复杂基质的干扰，但难以用同一检测器同时检测多类不同的化合物，而不受基质的干扰。而采用色质联用中的提取离子色谱、选择离子检测等技术可降低化学噪声的影响，分离出总离子图上尚未分离的色谱峰。在色质联用技术中，高分辨质谱的联用仪检测准确质量数、串联质谱（时间串联或空间串联）的选择反应检测或选择离子子离子检测等均能在一定程度上降低化学噪音，提高信噪比。
1、气相色谱仪GC作为进样系统，将待测样品分离后直接导入质谱进行检测，即满足了质谱分析对样品单一性的要求，又省去样品制备、转移的繁琐过程，不仅避免了样品受污染，对质谱进样量还能有效控制，也减少了质谱仪的污染，极大地提高了对混合物分离、定性定量效率。
2、定性能力高。用色谱保留时间结合化合物的指纹质谱图鉴定组分，大大优于仅靠色谱保留时间。质谱作为检测器，检测的是离子质量，获得化合物质谱图，解决了气相色谱仪定性的局限性，由于不同化合物的质谱图不一样，因此质谱即是一种通用型检测器，又是有选择性的检测器，可以说GC-MS全扫描方式是蕞通用的、灵敏度极高的色谱检测，而选择离子和二级质谱扫描方式是可变的，蕞具选择性的，蕞高灵敏度的色谱柱选择性检测，所以应用时优于其他色谱检测器，常常被作为蕞终确证方法。
3、可分离尚未分离的色谱峰。用提取离子、选择离子监测或选择反应监测法，以及结合某些数据处理方法，可分离总离子流色谱图上尚未分离或被化学噪声所掩盖的色谱峰。
4、可提高定量分析精度。通过同位素稀释和内标技术可提高定量精度和定性能力。
GC-MS的不足在于：分析对象限于在300℃左右及以下可以汽化、并且能离子化的样品；在加热过程中易分解的、极性太强的化合物，如有机酸类等，则需要进行酯化衍生处理才可进行GC-MS分析，如果样品不能汽化也不能酯化则需采取LC-MS或其他方法分析；GC-MS分析样品应是有机溶液，或采用热裂解、顶空进样技术。另外，目前质谱还有个一个很重要的不足是对很多异构体（尤其是位置异构）无法分辨。
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